土楼无论大小、无论几层，楼上楼下的房间都是一样的。少数仅二层者，二楼就作卧室。绝大部分是三层或四层的，二层多作仓库用，俗称“禾仓间”，是谷仓和家什财物的专用间，对楼外也是不开窗的，对内也少见打窗，呈现典型的古式密仓气息。三层以上，就是卧室，对外开长条小窗，对内开直棂窗或其它窗。与一楼的回廊、畅廊一样，二层以上各层回廊是用外伸梁的方法出挑在一膺廊台上空的，在二层与三层出跳中间榫接廊柱，二层以上均设栏板；三层回廊向内挑出比二层更多，以设小披檐，不仅可放置杂物，更有遮护下层廊道、挡除雨水的妙处。二层以上回廊有立廊柱，而楼下回廊是绝不立柱的，因此一楼回廊完全是畅廊，它不仅像各层回廊那样将各房间连成一体，使各间之间畅通无阻，而且还形成了房间、回廊、天井三位之间的一体感，使用空间和视野变得开阔舒畅。
土楼的楼梯，最少的也有两部，常见的是四部公用梯，大多布置在与门堂轴线垂直的横轴两端；如果出于风水先生之设计，那就可能装在非常微妙的位置，不一定会均匀对角分布。有的圆土楼内各层不设敞廊，除顶楼之外按照一层的开间，每个开间从一楼垂直以上各层为一单元一户人家，每家都是一楼厨房、二楼仓储、三楼以上卧室，每家都有一部楼梯。
一般中小型圆土楼的一层与大门相对的一间是敞厅式祖堂，作家祭供祖之神圣中心。直径大的圆寨内有极宽阔的天井，往往在天井圆心点建造四方形的祠堂，供奉列祖，也作家族议事中心和学堂使用。
